تنقسم الوحدات الإدارية للمندوبية الإقليمية للشؤون الإسلامية بآيت باها إلى وحدات أربع:

  1.  وحدة الشؤون الدينية.
  2. وحدة شؤون التعليم العتيق.
  3. وحدة محو الأمية.
  4. وحدة الشؤون المالية